机身左侧的数据线接口处的设计两机也有所不同。D90接口的橡胶盖及其周围也使用了和正面及手柄一样的饰皮,看上去更加和谐统一。
从数据线接口来看,除了USB和DC IN接口相同,D90比D80多了一个HDMI接口。而视频输出接口名称有所变动。最下方的遥控线接口在D90上,不仅支持遥控线,而且还支持GPS。
不过D90所需的GPS配件GP-1单元需要另购,这个小小的单元可以固定在机顶热靴上,并通过侧面底部的数据线接口连接机身。这样,外出拍摄相机还能成为GPS使用。
D90依然使用SD卡作为存储介质,同时支持SDHC卡。而D90的电池和D80是同一型号,都是容量为1500mAh的EN-EL3e的锂电池。不过从官方公布数据来看,D90上这枚电池的续航能力完全充电一次大约能拍摄1000张,而D80是2700张。
和D80不用之处还在于,D90的存储卡下方多了一个喇叭孔,拍摄完视频回放时,既可以观看画面也可以由此听到声音,而且音响还特别大。