机身后部设计同前一代没有什么变化,按键布置基本相同。但是由于液晶屏的扩大使前代液晶屏左侧的按键挪了位置。而前一代主功能转盘开关被五维导航按键所取代。五维导航键同拨盘两种方式都能够控制菜单,多一种选择多一种方式,具体喜欢那种操控方式就看各自的喜好了。若在机身选项中开启了实时取景功能,那么在拍摄模式按下主功能转盘中央的SET按键就可进入实时取景模式。
机身右侧是手柄,基本没有布置按键。在手柄偏下的位置有竖拍手柄的开关,能够控制竖拍手柄的案件是否生效。在机身左布置了机身的各种接口,包括闪光灯同步接口、快门线接口、视频输出接口、USB接口和机身扩展接口。其中我们看到USB接口从上一代的USB1.1升级到了传输速度更快的USB2.0,从而取代了1394火线接口。EOS 1Ds MarkⅢ的视频接口并不支持高清图像输出,如果需要实时输出高清图像,则需要购买机身扩展接口的适配器连接电脑才能够实现。